東京奧運開支的官方數據為154億美元，在日本可建造將近300間300張床位的醫院或1200所小學，牛津大學研究稱這是史上最貴的奧運。日本政府審計人員稱，實際支出也許達到兩倍。

除了67億美元之外，其他都來自日本納稅人。根據最新的預算數據，國際奧會（IOC）貢獻13億美元，COVID-19（2019冠狀病毒疾病）疫情之後追加了幾億美元。

牛津大學的研究對奧運成本進行剖析，發現自1960 年來，所有的奧運平均超支172%，本屆東京奧運超支111%或244%，這取決於採用哪個成本數據。

參與牛津大學研究的佛利弗柏格（Bent Flyvberg）指出：「國際奧會和主辦城市對追蹤成本沒有興趣，因為這往往會揭露成本超支的實情，使得國際奧會和主辦城市愈顯尷尬。」

美國聖十字學院（College of the Holy Cross）研究體育經濟學的馬西森（Victor Matheson）表示：「關鍵是要分清哪些是奧運費用，哪些是本來就會建設、但因為奧運而進度提前的一般基礎設施。比如1964年的東京奧運，可以說是最便宜的奧運之一，也可以說是最昂貴的奧運之一，取決於把多少準備成本算作是奧運的費用。」

成本數據以及由誰埋單向來模糊不清。東京奧運方面，延後一年使奧運成本增加28億美元，禁止觀眾入場也讓門票收入損失約8億美元，這些缺口將不得不由日本政府實體、很可能是東京都政府來承擔。

在日本最大廣告公司電通集團的推廣下，日本本土品牌贊助東京奧運33億美元，打破歷屆夏季奧運的紀錄。但許多贊助商在奧運開幕之前，就對無觀眾入場讓他們的投資打水漂，公開表示不滿。

奧運最大贏家是總部位於瑞士的國際奧會，就算沒有觀眾，該組織仍有30億至40億美元的轉播權利金收入。國際奧會本質上是一家體育和娛樂企業，近75%收入來自轉播權利金收入，另外18%來自贊助商。

德國體育經濟學家曼尼希（Wolfgang Maennig）曾經在1988年漢城奧運奪得划船金牌。他表示奧運對促進經濟的作用很小，他經常把奧運比作為朋友們舉辦大型聚會，透過過度消費，希望來賓高興離開，並深深記住你。

曼尼希表示：「經過30年實證研究，經濟學家認為奧運對國家（或甚至區域）的收入、就業、稅收、旅遊業等沒有產生任何重大的積極影響。」

曼尼希認為奧運帶來的益處只能體現在其他方面，包括東道主的主場優勢和更多獎牌、新的體育設施、提高國際知名度和有關城市復興的快速決策。本屆奧運主辦國日本的金牌數和總獎牌數均創歷史新高，如此的傑出表現與此論點相符。

奧運大部分好處由建築公司和承包商獲得。東京建造8個新場館，其中最貴的兩個場館是國立競技場和新的水上運動中心，分別耗資14.3億美元和5.2億美元。而接下來兩屆奧運的主辦城市，2024年的巴黎和2028年的洛杉磯，正在大幅削減新場館建設計畫。

儘管因為疫情和無觀眾入場，主辦本屆奧運可能給東京帶來短期經濟損失，但對於經濟規模達5兆美元的日本來說，這樣的損失相對很小。