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越來越多證據表明，Omicron變種病毒可能早在南非之前，就已經出現於紐約地區。

在聯邦疾病防治中心(CDC)最新公布的病毒溯源調查報告中顯示，對紐約市廢水的一項研究表明，Omicron變種病毒可能在南非科學家發現之前，就已經存在於紐約市，並且比最初的臨床測試顯示的傳播範圍更廣。

「紐約市環保局(DEP)通過對每周從14個下水道收集的樣本進行測序，一直在追蹤廢水中變體，最近於2021年11月21日收集到的一個樣本中，發現了12個與Omicron有關的變異毒株。」聯邦疾病防治中心最新出版的研究刊物記載，這代表在南非科學家於去年11月22日首次宣布他們發現該變體以前，Omicron就已經出現在了紐約市。

緊接著，11月28日，研究人員從同一個下水道收集的廢水樣本中，再次發現Omicron變種病毒，與此同時，紐約市另一個下水道廢水中也首次發現了Omicron變異毒株。

2021年12月1日，美國報告了第一位Omicron變種病毒確診者，聯邦疾病防治中心也表示，在12月4日的廢水數據研究日期中，也已經在紐約市的一個居民身上發現了Omicron變種病毒。

但也有科學家懷疑，來自廢水的變體追蹤數據，是否能完全確認特定變體毒株的存在，因為所使用的方法不能確定所有變體定義的突變是否存在於一個基因組上，所以必須在檢測多個變體相關的突變後，才可以下定論。